Terumbu karang di kepulauan raja ampat sangat kaya akan jenis-jenis hewan dan tumbuhan.Kepulauan ini merupakan salah satu daerah yang berada pada jantung jaringan koral yaitu daerah yang memiliki keragaman terumbu karang tinggi selain australia, papua new guinea dan filipina.
Kepulauan raja ampat telah dicadangkan oleh pemerintah sebagai kawasan konservasi, baik untuk konservasi darat maupun laut.
Kawasan konservasi raja ampat terdiri dari cagar alam pulau misool selatan, batanta barat, waigeo barat, salawati utara.Kawasan konservasi waigeo barat telah diusulkan sebagai cagar alam berdasarkan SK Menteri Kehutanan no 81/Kpts/UM/1981 dengan luas 153.000 hektar.Selanjutnya meliputi antara lain pulau Mutus,Biansyi dan sekitarnya ditetapkan sebagai suaka margasatwa laut raja ampat di papua.
